Rentgenové kontrolní systémy lze instalovat v klíčových fázích výroby. Například u sáčků nebo blistrových balení mohou rentgenové systémy před sekundárním balením ověřit, že je přítomen správný počet tablet nebo správné množství prášku. 

U tablet a kapslí mohou rentgenové systémy odhalit chybějící nebo poškozené kusy v blistrových baleních, lahvích nebo kartonech. Rentgenová kontrola se také běžně používá k identifikaci otevřených chlopní, poškozených obalů nebo neúplných sekundárních balení.

Zdravotnické prostředky se kontrolují podobným způsobem. Například injekční systémy a zařízení pro podávání na bázi jehel lze zkontrolovat, aby se před distribucí potvrdila přítomnost a správná montáž klíčových součástí.

Výrobci často používají v průběhu výroby více rentgenových systémů k odhalení a odstranění všech výrobků obsahujících cizorodé materiály. To pomáhá zvýšit bezpečnost pacientů, zlepšit efektivitu a podpořit shodu s požadavky v každé fázi výrobního procesu.