Počas ozónovej sanitizácie sa zvyčajne pozoruje dočasný nárast úrovní TOC. Tento nárast naznačuje, že ozón účinne rozkladá komplexné organické kontaminanty na menšie organické zlúčeniny a vedľajšie produkty. Po ukončení sanitizačného cyklu a prepláchnutí systému sa úrovne TOC zvyčajne vrátia na východiskovú hodnotu.

Ozón významne znižuje mikrobiálnu kontamináciu, pretože účinne inaktivuje baktérie, vírusy a ďalšie mikroorganizmy, čím zabraňuje ich množeniu. Po sanitizačnom cykle s ozónom dochádza k výraznému poklesu počtu mikroorganizmov alebo dokonca k ich úplnému odstráneniu.

Tento efekt možno jasne sledovať pomocou  analyzátora mikrobiálnej kontaminácie, ktorý poskytuje údaje o počte mikroorganizmov v reálnom čase. Tradičné kultivačné metódy založené na počítaní kolónií na agarových platniach nedokážu zachytiť tieto zmeny v systéme vody s rovnakou citlivosťou a rýchlosťou. Súvislosť medzi ozonizáciou a poklesom mikrobiálnej kontaminácie je však jednoznačná.