Aby użyć mikropipety, najpierw ustaw i zablokuj objętość. Następnie odpowiednią stroną wprowadź mikropipetę do czystej i pustej końcówki. Upewnij się, że końcówka pipety jest pewnie zamocowana do mikropipety, aby zapewnić szczelne połączenie. W przypadku mikropipety manualnej po założeniu końcówki naciśnij tłok do pierwszego oporu. W modelach elektronicznych po ustawieniu objętości i założeniu końcówki urządzenie jest gotowe do zasysania.
Trzymając mikropipetę pionowo, zanurz końcówkę w cieczy na głębokości odpowiedniej do rozmiaru końcówki. Zbyt głębokie zanurzenie końcówki spowoduje wzrost ciśnienia, który może doprowadzić do przepełnienia końcówki; zbyt płytkie zanurzenie może spowodować zassanie powietrza.
W mikropipecie manualnej powoli zmniejszaj ciśnienie tłokiem, aby pobrać ustaloną objętość cieczy. W wersji elektronicznej naciśnij przycisk, aby włączyć zasysanie.
Po zassaniu cieczy do końcówki ustaw mikropipetę nad docelowym naczyniem. W przypadku mikropipet manualnych naciśnij tłok do pierwszego oporu, aby dozować. W przypadku elektronicznej mikropipety wystarczy nacisnąć przycisk dozowania.
Na koniec, aby usunąć pozostałą ciecz, ustaw mikropipetę nad naczyniem na odpady, a w przypadku mikropipet manualnych naciśnij tłok do drugiego oporu, tzw. „wydmuchowego”. W przypadku mikropipet elektronicznych użyj przycisku, aby wydmuchać pozostałość cieczy.