Under ozondesinfektion er det almindeligt at observere en midlertidig stigning i TOC-niveauer. Denne stigning indikerer, at ozon effektivt nedbryder komplekse organiske forureninger til mindre organiske forbindelser og biprodukter. Når desinfektionscyklussen er afsluttet, og systemet er blevet skyllet, vender TOC-niveauerne typisk tilbage til udgangsniveauet.

Ozon reducerer bakterietal betydeligt ved effektivt at inaktivere bakterier, vira og andre mikroorganismer og forhindre deres formering. Efter en ozondesinfektionscyklus er mikrobielle tal markant reduceret eller endda elimineret. Dette kan tydeligt ses med en realtids-bioburden analysator, der viser mikrobielle tal. Pladetællinger kan ikke registrere denne tendens i vandsystemet på samme niveau som en bioburden analysator, men korrelationen mellem ozonering og mikrobielle tal er tydelig.