Vì làm sạch là một quy trình tốn thời gian và đòi hỏi chuyên môn đáng kể từ người vận hành, nên phương pháp làm sạch tại chỗ (CIP) đã được phát triển cho các hệ thống kín. CIP là phương pháp làm sạch tự động một hệ thống kín bằng cách tuần hoàn chất tẩy rửa ở nhiệt độ và nồng độ xác định. Thiết kế chuẩn vệ sinh giúp giữ thể tích pha trộn ở mức thấp trong quá trình thay đổi sản phẩm và bảo đảm chất tẩy rửa đến được mọi bề mặt trong hệ thống với động lực học dòng chảy cần thiết.

Phương pháp làm sạch ngoài vị trí (COP) chủ yếu được sử dụng trong các hệ thống phức tạp đến mức - thường do có các bộ phận chuyển động - chúng chỉ có thể được làm sạch thủ công sau khi tháo rời các bộ phận. Thiết kế chuẩn vệ sinh cho phép dễ dàng tháo rời, lắp ráp lại hoặc thay thế các bộ phận của hệ thống. Thiết kế như vậy giúp mọi bề mặt đều dễ tiếp cận. Một ví dụ về thiết kế chuẩn vệ sinh trong hệ thống COP là các băng tải có thể tháo rời dễ dàng. Điều này cho phép thay băng tải bẩn bằng băng tải sạch thay vì phải chờ vệ sinh băng tải bẩn - qua đó giảm thời gian phải dừng sản xuất để vệ sinh.

Thiết kế chuẩn vệ sinh thành công bắt đầu từ những điều đơn giản. Việc lựa chọn thiết bị phải phù hợp với quy trình. Nếu - như thường thấy - thực hiện vệ sinh ướt, thì cấp bảo vệ IP của thiết bị phải phù hợp với quy trình. Vật liệu của vỏ thiết bị phải chịu được sự tiếp xúc lâu dài với cả sản phẩm lẫn chất tẩy rửa mà không làm suy giảm chất lượng hoặc độ nhẵn của bề mặt. Các hệ thống phải được lắp đặt sao cho có thể dễ dàng tiếp cận và thao tác tới trong quá trình vệ sinh.

Những yếu tố như thiết kế khung có ảnh hưởng rất lớn ở đây - khung mở giúp dễ tiếp cận các bộ phận của hệ thống và giúp việc tháo rời để vệ sinh dễ dàng hơn. Sàn, tường và rãnh thoát sàn cũng phải được thiết kế tương ứng. Tất cả các bề mặt nên có độ dốc khoảng 3° để ngăn hình thành vũng đọng và bảo đảm chất lỏng thoát hoặc chảy tràn liên tục. Bất kỳ thành phần bổ sung nào vào hệ thống cũng không nên làm suy giảm khái niệm hợp vệ sinh ban đầu.