Mikrobekontaminering i vann kan måles på mange måter, og USP anbefaler spesifikke metoder for farmasøytisk vann. Tradisjonelle platetellingsmetoder har tradisjonelt vært mye brukt for å frigi vann. De er imidlertid utsatt for feil, og det kan ta 5–7 dager å få resultatene. Platetelling krever også at det dannes en bakteriekoloni på en plate. Derfor kalles måleenheten "kolonidannende enhet" eller CFU, som er et estimat på totalt bakterieinnhold i prøveplaten. En annen måte å måle mikrobekontaminering i vann på, er via laserindusert fluorescens med en mikrobedeteksjonsanalysator. Disse analysatorene bruker laserindusert florescerende teknologi for å måle det totale antallet celler i vannprøven. Systemer som bruker denne typen teknologi tillater atline, sanntids overvåking av mikrobekontaminering i farmasøytisk vann, ved å identifisere celler i vannprøven umiddelbart. Disse rapporteres som autofluorescerende enheter (AFU-er).