Pembersihan adalah proses yang membutuhkan banyak waktu yang membutuhkan keahlian cukup besar dari operator, sehingga pembersihan Clean in Place (CIP) dikembangkan untuk sistem tertutup. CIP mengacu pada pembersihan otomatis sistem tertutup dengan melakukan sirkulasi ulang bahan pembersih pada suhu dan konsentrasi yang telah ditentukan. Desain higienis menjaga volume fase campuran tetap rendah selama penggantian produk dan memastikan bahwa bahan pembersih menjangkau semua permukaan dalam sistem dengan dinamika aliran yang diperlukan.

Pembersihan Cleaning Out of Place (COP) terutama digunakan dalam sistem yang sangat kompleks –sering kali karena adanya bagian yang bergerak– sehingga hanya dapat dibersihkan secara manual setelah membongkar komponen. Desain higienis memungkinkan pembongkaran dan pemasangan kembali atau penggantian komponen sistem dengan mudah. Desain semacam itu membuat semua permukaan dapat dengan mudah diakses.

Contoh desain higienis untuk sistem COP adalah sabuk konveyor yang mudah dilepas. Hal ini memungkinkan penggantian sabuk konveyor yang kotor dengan yang bersih, alih-alih menunggu untuk membersihkan sabuk yang kotor yang mengakibatkan berkurangnya jumlah waktu produksi untuk pembersihan.

Kesuksesan desain higienis dimulai dengan sederhana. Pemilihan peralatan harus sesuai dengan prosesnya. Jika, seperti yang sering terjadi, pembersihan basah dilakukan, peringkat perlindungan IP perangkat harus cukup untuk proses tersebut. Material housing harus tahan terhadap paparan produk dan bahan pembersih dalam jangka panjang tanpa penurunan kualitas atau kehalusan permukaan. Sistem harus dipasang sedemikian rupa sehingga mudah diakses dan dijangkau selama pembersihan.

Faktor-faktor seperti desain rangka memiliki pengaruh besar di sini. Rangka terbuka mendukung kemudahan akses ke komponen sistem dan memudahkan pembongkaran untuk pembersihan. Lantai, dinding, dan saluran pembuangan lantai juga harus dirancang sebagaimana mestinya. Semua permukaan harus memiliki kemiringan sekitar 3° untuk mencegah terbentuknya genangan air dan untuk memastikan pengurasan atau limpasan (runoff) cairan secara terus menerus. Setiap penambahan komponen ke sistem tidak boleh melemahkan konsep higienis yang sebenarnya.