Med ozonsko sanitizacijo je običajno opaziti začasen porast ravni TOC. Ta skok kaže, da ozon učinkovito razgrajuje kompleksne organske onesnaževalce v manjše organske spojine in stranske produkte. Ko se sanitizacijski cikel zaključi in se sistem izpere, se ravni TOC običajno vrnejo na izhodiščno vrednost.

Ozon znatno zmanjša število bakterij, saj učinkovito inaktivira bakterije, viruse in druge mikroorganizme ter preprečuje njihovo razmnoževanje. Po ozonskem sanitizacijskem ciklu se število mikroorganizmov občutno zmanjša ali celo odpravi. To je jasno razvidno z uporabo analognika za spremljanje mikrobiološke kontaminacije v realnem času bioburden analyzer, ki prikazuje število mikroorganizmov. Števila kolonij ne zaznajo tega trenda v vodnem sistemu v enaki meri kot analizator mikrobiološke kontaminacije, vendar je povezava med ozoniranjem in številom mikroorganizmov jasna.