Ker je čiščenje časovno zahtevno opravilo, ki od operaterja zahteva precej strokovnosti, je bil razvit Clean in Place (CIP) sistem za zaprte sisteme. CIP pomeni avtomatsko čiščenje zaprtega sistema z recirkulacijo čistilnih sredstev pri določeni temperaturi in koncentraciji. Higienski dizajn ohranja nizko prostornino mešanih faz med menjavami izdelkov in zagotavlja, da čistilna sredstva dosežejo vse površine znotraj sistema z ustrezno dinamiko pretoka.

Cleaning Out of Place (COP) se uporablja predvsem v sistemih, ki so zaradi gibljivih delov tako kompleksni, da jih je mogoče očistiti le ročno po razstavljanju komponent. Higienski dizajn omogoča enostavno razstavljanje in ponovno sestavljanje ali zamenjavo sistemskih komponent. Tak dizajn omogoča enostaven dostop do vseh površin. Primer higienskega dizajna za COP sistem so lahko enostavno odstranljive transportne pasove. To omogoča zamenjavo umazanega transportnega pasu z čistim, namesto da bi čakali na čiščenje umazanega pasu – s čimer se zmanjša čas, ko mora proizvodnja stati zaradi čiščenja.