連続分注器は、アッセイの複製を必要とするあらゆるアプリケーションやワークフロー、あるいはサンプルの正確さと精密さが重要となる場合に使用されます。たとえば、多くのピペットユーザーは、PCR反応のセットアップに連続分注器を使用しています。連続分注器は、同量のPCR反応混合物を各PCRチューブに分注することができます。
他に一般的な用途として、凍結が必要な患者の血清など、重要な試薬やサンプルを長期保存用の容器に分注することがあります。このようなサンプルの場合、一度に大量に凍結すると不要な解凍を繰り返すことになり、温度に敏感なサンプル/バイオマーカーの完全性が損なわれる可能性があります。
そして、粘性や揮発性が高いサンプルは、通常、空気置換式ピペットによるピペッティングが困難です。これは、空気置換式ピペットにおいて、これらの液体がピストンと液体の間のエアポケットに及ぼす力によって、サンプル間の再現性が悪くなる(正確さや精密さが悪くなる)ためです。連続分注器は、扱いが難しい液体を使用するアプリケーションやプロトコルにおいて、正確さと精密さを大幅に向上させます。