Da biste koristili mikropipetu, prvo postavite i fiksirajte volumen. Zatim spustite kraj mikropipete s tekućinom u čist, prazan nastavak pipete. Pobrinite se da nastavak pipete bude čvrsto postavljen na mikropipetu radi hermetičkog zatvaranja. Nakon postavljanja nastavka pipete na ručnu mikropipetu pritisnite klip do prvog graničnika. Kod elektroničkih modela, kada se postavi volumen i stavi nastavak, pipeta je spremna za aspiraciju.
Držeći mikropipetu okomito, uronite nastavak u tekućinu na ispravnoj dubini s obzirom na veličinu nastavka. Ako se nastavak preduboko uroni, povećava se tlak i nastavak se može prepuniti. Ako ga uronite preplitko, riskirate aspiraciju zraka.
Na ručnoj mikropipeti, polako otpustite tlak na klipu kako biste aspirirali postavljeni volumen tekućine. Na elektroničkoj verziji pritisnite gumb za aspiriranje.
Kada se tekućina nalazi u nastavku, pomaknite mikropipetu nad ciljnu posudu. Na ručnim mikropipetama pritisnite klip do prvog graničnika kako biste dispenzirali. Na elektroničkoj mikropipeti jednostavno pritisnite gumb za dispenziranje.
Na kraju, kako biste ispustili svu preostalu tekućinu, pomaknite mikropipetu nad željenu posudu za izbacivanje i, na ručnim mikropipetama, pritisnite klip do drugog graničnika za „ispuhivanje” (eng. blowout). Na elektroničkim mikropipetama s pomoću gumba ispušite svu preostalu tekućinu.

Kako se upotrebljava mikropipeta?