Como a limpeza é um processo demorado que exige uma experiência considerável do operador, a limpeza CIP (Limpeza no Local) foi desenvolvida para sistemas fechados. A CIP refere-se a uma limpeza automática de um sistema fechado através da recirculação de agentes de limpeza a uma temperatura e concentração definidas. O design higiênico mantém o volume de fases de mistura baixo durante as mudanças de produto e garante que os agentes de limpeza alcancem todas as superfícies dentro do sistema com a dinâmica de fluxo necessária.

A COP (Limpeza em Local Externo) é usada principalmente em sistemas que são tão complexos — muitas vezes devido a peças móveis — que só podem ser limpos manualmente após a desmontagem dos componentes. O design higiênico facilita a desmontagem e remontagem ou substituição de componentes do sistema. Esse design torna todas as superfícies facilmente acessíveis. Um exemplo de design higiênico em ação para um sistema COP é a esteira transportadora facilmente removível. Isso possibilita a substituição de uma esteira transportadora suja por uma limpa, em vez de esperar para limpá-la, o que diminui o tempo de parada da produção para limpeza.

Um design higiênico bem-sucedido começa de modo simples. A seleção dos equipamentos deve ser apropriada para o processo. Se for realizada a limpeza úmida, como geralmente ocorre, a classificação de proteção IP dos dispositivos precisará ser suficiente para o processo. O material das carcaças deve suportar a exposição aos produtos e agentes de limpeza a longo prazo, sem deterioração da qualidade ou suavidade da superfície. Os sistemas devem ser instalados de um modo que sejam facilmente acessíveis durante a limpeza.

Fatores como o design da estrutura têm uma grande influência: uma estrutura aberta permite a facilidade de acesso aos componentes do sistema e facilita a desmontagem para a limpeza. Pisos, paredes e ralos devem também ser projetados de acordo. Todas as superfícies devem ter uma inclinação de aproximadamente 3° para evitar a formação de poças e garantir a drenagem contínua de líquidos. Quaisquer adições de componentes ao sistema não devem diluir o conceito higiênico original.