Halojenasyonlar son derece faydalı reaksiyonlardır ve sentetik kimyada geniş bir kullanım alanını kapsar. Birkaç örnek: Aldehitlerin ve ketonların α pozisyonda klorlanması, bromlanması ve iyotlanması basittir, ancak flor ile reaksiyon mümkün değildir. Karboksilik asitlerdeki α-hidrojenin brom veya klor ile halojenasyonu, Zell-Volhard-Zelinsky reaksiyonu yoluyla meydana gelebilir, ancak P veya PBr3 gibi bir katalizör gereklidir. Bir substratı enolize etmek ne kadar kolaysa, onu halojenlemek de o kadar kolay olur. Bu nedenle, asil halojenürler, anhidritler, malonik esterlerin tümü, bir katalizöre ihtiyaç duymadan α halojenasyona uğrar. Hoffman yeniden düzenleme reaksiyonu, amidleri aminlere dönüştürmek için brom kullanır. Aromatik halkalar bromlu veya klorlu olabilir, ancak Fe (aslında FeCl3) veya AlCl3 veya AlBr3 gibi bir katalizör gerektirir. Florun kendisi aromatiklerin florlanması için agresiftir, ancak fenoller gibi belirli substratları florlamak için kullanılabilecek ClO3F gibi reaktifler vardır. Genel olarak, brom ve klor, ikili ve üçlü bağlarla bileşikleri kolayca halojenleştirir.
X2 veya HX ile halojenasyon kullanılmasına rağmen, bu moleküller genellikle toksik, aşındırıcıdır ve yönetilmesi zordur. Örnek olarak, Flor ve HF inanılmaz derecede aşındırıcıdır, reaktiftir, istenmeyen yan ürünlere neden olur ve genel olarak reaksiyon ekzotermisitesini kontrol etmek ve bunlarla çalışmak zordur. Bu nedenle, bir flor atomu sağlayabilen ancak daha kararlı ve kontrol edilebilir bileşikler geliştirilmiştir. Örnek olarak, dietilaminosülfür triflorür (DAST), alkolleri, aldehitleri ve ketonları karşılık gelen organoflorüre dönüştüren ve flor veya kükürt tetraflorür gazlarından çok daha güvenli ve kullanımı kolay olan kararlı bir katıdır. SOCl2 ve PCls5 gibi reaktifler, karşılık gelen alkollerden organoklor bileşikleri üretmek için kullanılır ve flor durumunda olduğu gibi, elementel klora göre kullanımı ve kontrol reaksiyonları daha kolaydır. Brom'a bir alternatif olarak, N-bromosüksinimid (NBS), bir alkeni bromlamak için yaygın olarak kullanılır.