Postoje brojni načini mjerenja mikrobiološke kontaminacije vode, a američka farmakopeja (USP) preporučuje određene načine mjerenja za farmaceutske vode. Obično se koriste tradicionalne metode kvantifikacije mikroorganizama u uzorku za odobrenje vode, no ovaj je način podložan pogreškama, a rezultati se čekaju 5 do 7 dana. Kvantifikacija mikroorganizama u uzorku također zahtijeva formiranje kolonije bakterija na pločici i stoga se mjerna jedinica naziva „broj jedinica koje formiranju kolonije“ (CFU), što je ustvari procjena ukupnog broja bakterija na pločici uzorka. Drugi način mjerenja mikrobiološke kontaminacije u vodi je laserski inducirana fluorescencija s analizatorom za otkrivanje mikroba. Ovi analizatori koriste laserski induciranu fluorescentnu tehnologiju za mjerenje ukupnog broja stanica koje su prisutne u volumenu uzorka vode. Sustavi koji koriste ovu vrstu tehnologije omogućuju praćenje mikrobiološke kontaminacije na proizvodnoj liniji u farmaceutskim vodama u stvarnom vremenu, odmah identificirajući stanice prisutne u uzorku vode i registrirajući ih kao autofluorescentne jedinice (AFU).