Budući da je čišćenje dugotrajan postupak koji zahtijeva znatnu stručnost operatera, čišćenje na licu mjesta (CIP) razvijeno je za zatvorene sustave. CIP se odnosi na automatsko čišćenje zatvorenog sustava recirkulacijom sredstva za čišćenje pri određenoj temperaturi i koncentraciji. Zahvaljujući higijenskom dizajnu, volumen faza za miješanje održava se niskim tijekom promjena proizvoda i osigurava se da sredstvo za čišćenje dođe do svih površina unutar sustava uz potrebnu dinamiku protoka.

Čišćenje na drugoj lokaciji (COP) uglavnom se upotrebljava u sustavima koji su - često zbog pokretnih dijelova - toliko složeni da se mogu očistiti samo ručno nakon rastavljanja komponenti. Higijenski dizajn omogućuje jednostavno rastavljanje i ponovno sastavljanje ili zamjenu komponenti sustava. Takav dizajn omogućuje lak pristup svim površinama. Primjer za higijenski dizajn sustava COP jest transportna traka koja se jednostavno uklanja. To omogućuje da se, umjesto čekanja na čišćenje, prljava transportna traka zamijeni čistom, čime se skraćuje vrijeme potrebno za zaustavljanje proizvodnje radi čišćenja.

Uspješan higijenski dizajn započinje jednostavno. Odabir opreme mora biti u skladu s postupkom. Ako se, kao što je često slučaj, provodi mokro čišćenje, stupanj zaštite od prodora vode u uređajima mora biti dovoljan za postupak. Materijal kućišta mora moći dugoročno izdržati izloženost proizvodima i sredstvima za čišćenje bez pogoršanja kvalitete ili glatkoće površine. Pri instalaciji sustava moraju biti omogućene laka dostupnost i pristupačnost tijekom čišćenja.

Tu veliku ulogu imaju čimbenici kao što je dizajn okvira - otvoreni okvir olakšava pristup komponentama sustava i olakšava rastavljanje radi čišćenja. Podovi, zidovi i podni odvodi također moraju biti projektirani u skladu s tim. Sve površine trebaju imati nagib od oko 3° kako bi se spriječilo stvaranje lokvica i osiguralo kontinuirano odvodnjavanje ili otjecanje tekućina. Nijedna dodatna komponenta u sustavu ne smije narušiti izvorni higijenski koncept.