Il existe de nombreuses méthodes pour mesurer la contamination microbienne de l'eau, et l'USP recommande des méthodes spécifiques pour les eaux à usage pharmaceutique.
Traditionnellement, les méthodes de comptage sur plaque sont largement utilisées pour la mise en circulation de l'eau ; cependant, elles sont sujettes à des erreurs et peuvent prendre 5 à 7 jours pour obtenir des résultats. Le comptage sur plaque nécessite également la formation d'une colonie de bactéries sur une plaque ; par conséquent, l'unité de mesure est appelée « unité formant colonie » ou UFC, qui estime le nombre total de bactéries présentes dans la plaque d'échantillon.
Une autre méthode de mesure de la contamination microbienne de l'eau consiste à utiliser la fluorescence induite par laser avec un analyseur de détection microbienne. Ces analyseurs utilisent la technologie de fluorescence induite par laser pour mesurer le nombre total de cellules présentes dans le volume d'eau de l'échantillon. Les systèmes utilisant cette technologie permettent une surveillance en ligne et en temps réel de la contamination microbienne des eaux pharmaceutiques en identifiant immédiatement les cellules présentes dans l'échantillon d'eau ; les résultats sont exprimés en unités d'auto-fluorescence (AFU).
