Existuje množstvo spôsobov merania mikrobiálnej kontaminácie vody a v norme USP sa odporúčajú konkrétne spôsoby meraní pre farmaceutické vody. Pre vypúšťané vody sa často používajú tradičné metódy počítania kolónií, sú však náchylné na vznik chýb a získanie výsledkov môže trvať 5 – 7 dní. Počítanie kolónií vyžaduje aj vytvorenie kolónie baktérií na platni, na základe čoho sa jednotka merania nazýva jednotka formujúca kolóniu alebo CFU, čo je odhad celkového počtu baktérií prítomných vo vzorke. Ďalší spôsob merania mikrobiálnej kontaminácie vo vode je prostredníctvom laserom indukovanej fluorescencie pomocou analyzátora mikrobiálnej detekcie. Tieto analyzátory využívajú na meranie celkového počtu buniek prítomných vo vzorke vody technológiu laserom indukovanej fluorescencie. Systémy, ktoré používajú tento typ technológie, umožňujú at-line monitorovanie mikrobiálnej kontaminácie vo farmaceutických vodách v reálnom čase prostredníctvom identifikácie buniek prítomných vo vzorke vody ihneď a výsledok vykazujú v autofluorescenčných jednotkách (AFU).