Kini ada berbagai cara untuk mengukur kontaminasi mikroba dalam air, dan USP merekomendasikan cara spesifik untuk melakukan hal tersebut untuk air farmasi. Metode konvensional yang sering digunakan untuk melepaskan air, yaitu menghitung jumlah dalam cawan; akan tetapi, metode ini rentan salah dan dapat memakan waktu hingga 5-7 hari. Penghitungan pelat juga memerlukan pembentukan koloni bakteri di atas pelat, dan oleh karenanya, satuan pengukuran disebut "unit pembentuk koloni" atau CFU, yang merupakan perkiraan jumlah total bakteri yang terdapat pada pelat sampel. Cara lain untuk mengukur kontaminasi mikroba dalam air adalah dengan menggunakan pendaran laser, alat ukur deteksi mikroba. Alat ukur ini menggunakan teknologi fluoresensi yang diinduksi laser untuk mengukur jumlah total sel yang tedapat dalam volume sampel air. Sistem yang menggunakan jenis teknologi ini memungkinkan pemantauan kontaminasi mikroba secara langsung dan real-time di air farmasi dengan segera mengidentifikasi sel yang terdapat dalam sampel air, dan dilaporkan sebagai unit fluoresen otomatis (AFU).