Хотя традиционные методы тестирования микробной нагрузки в течение многих лет служили важнейшими инструментами, у них есть существенные ограничения, которые могут поставить под угрозу качество воды и, как следствие, безопасность пациентов. Оба упомянутых метода опираются на подсчет колониеобразующих единиц (КОЕ), что требует времени, необходимого микроорганизмам для роста в колонии, которые можно физически подсчитать. Таким образом, эти методы требуют значительных ресурсов, включая время и трудозатраты на отбор проб, обработку и анализ, и дают лишь снимок уровня микробной нагрузки в конкретный момент времени. Следовательно, они не обеспечивают непрерывного контроля качества воды. В отрасли, где случаи загрязнения могут возникать стремительно и иметь немедленные последствия, такая задержка в получении результатов может быть особенно проблематичной.
Кроме того, не все микроорганизмы легко культивируются в лабораторных условиях, а это значит, что некоторые патогены могут остаться незамеченными. Такая избирательность может привести к занижению общей микробной нагрузки, поскольку некоторые микроорганизмы, присутствующие в образце, могут не расти на выбранной питательной среде.