Effiziente Workflows für DNA-Barcoding-Projekte - METTLER TOLEDO

Effiziente Workflows für DNA-Barcoding-Projekte

Effiziente Workflows für DNA-Barcoding-Projekte
Effiziente Workflows für DNA-Barcoding-Projekte

Das Canadian Centre for DNA Barcoding (CCDB) befindet sich am Institut für Biodiversität der University of Guelph in Toronto und ist ein zentraler Bestandteil der Initiative IBOL (International Barcode of Life Project). Im Rahmen dieses Projekts wird eine Barcode-Referenzdatenbank für kurze, standardisierte Genabschnitte erstellt. Ziel ist die Identifizierung und Erforschung von 5 Millionen Proben aus über 500.000 Spezies innerhalb von 5 Jahren.

Seit 2009 hat das Zentrum jährlich ca. 300.000 Proben von Tieren, Pflanzen und Pilzen verarbeitet. Die Proben im CCDB werden in den typischen Arbeitsschritten der Genomik, wie z. B. DNA-Extraktion und der PCR-Amplifikation, bearbeitet. Nachgeschaltete Analysemethoden umfassen die Sequenzierung von DNA-Barcodes für Tiere, die knapp 650 Basenpaare des COX-Gens umfassen. Für Pflanzen werden die Chloroplastengene rbcL und matK eingesetzt.

 

Lösungsvorschlag Liquidator96


Beschleunigte Arbeitsabläufe mit dem Liquidator 96
Rainin Liquidator96 Lead DNA Scientist Dr. Natalia Ivanova erläutert, wie der Liquidator 96 von Rainin die Prozesse zur Analyse dieser DNA-Proben beschleunigt:

  • “Für PCR und Cycle-Sequencing fügen wir 2 µl extrahierte DNA zu einer vorbereiteten PCR-Platte bzw. zu vorbereiteten Sequenzierungsplatten hinzu. Vor der Anschaffung des Liquidator 96 benutzten wir 8- oder 12-Kanal-Pipetten, was den Transfer wesentlich aufwändiger machte.“
  • “Der Liquidator hat zu einer deutlichen Verbesserung der Pipettiergenauigkeit und zur Verringerung der Fehlerrate beigetragen. Wenn man bedenkt, dass wir täglich 20 bis -40 PCR-Platten verarbeiten, hat der Liquidator das Risiko von Handgelenksverletzungen infolge von Überbeanspruchung beim Pipettieren minimiert. Das Aufsetzen und Abstossen der Spitzen ist einfach, ergonomisch und effizient.”
  • Der Liquidator kombiniert effiziente Robotertechnik mit einfacher, manueller Handhabung. Das System erfordert im Gegensatz zu z.B. Liquid-Handling-Robotern keine lange und komplizierte Einarbeitung. Die Lernkurve war so steil, dass bereits nach einer Demo-Sitzung das gesamte Laborpersonal die Arbeit mit dem Liquidator aufnehmen konnte.”
  • Der Liquidator bringt eine direkte Zeitersparnis von 1,5 bis 2 Minuten pro 96 Well-Platte. Bei entsprechend hohem Probendurchsatz lassen sich jährlich bis zu $5.000 Arbeitskosten einsparen. Hinzu kommen die indirekten Einsparungen bei Arbeitsaufwand und Reagenzien, die erzielt werden, indem Fehler infolge von Übermüdung usw. wegfallen. Sie betragen leicht das Doppelte oder Dreifache der direkten Kosteneinsparungen. Der Liquidator hat sich als lohnende Investition erwiesen.“.”

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