Suyun mikrobiyal kontaminasyonunu ölçmenin birçok yolu mevcuttur ve USP (ABD Farmakopesi) farmasötik sular için özel yöntemler önermektedir. Geleneksel olarak koloni sayım yöntemleri yaygın olarak kullanılır; fakat, bu yöntemler hataya meyillidirler ve sonuçları almak 5-7 gün kadar sürebilmektedir. Koloni sayımı ayrıca bakteri kolonisinin oluşmasını gerektirmektedir; dolayısıyla, "koloni oluşturma birimi" veya CFU olarak adlandırılan ölçüm birimi, numune plakasında bulunan toplam bakteri sayısının bir tahminidir. Sudaki mikrobiyal kirlenmeyi ölçmenin bir diğer yöntemi, lazer kaynaklı floresan ve bir mikrobiyal tespit analizörü ile uygulanır. Bu analizörler, suyun numune hacminde bulunan hücrelerin toplam sayısını ölçmek için lazer kaynaklı floresan teknolojisini kullanır. Bu tip teknolojiyi kullanan sistemler, numune suyunda mevcut bulunan hücreleri anında tespit edip otofloresan birimleri (AFU'ler) şeklinde raporlayarak farmasötik sularda, at-line gerçek zamanlı mikrobiyal kontaminasyon izlemesi sağlar.